Star Trek Discovery Season 3 เดินทางสู่อนาคตในอีก 930 ปีข้างหน้า รวมทั้งการเปลี่ยนแปลงบางอย่างในสหพันธ์ หลังจากความสงบนับศตวรรษ สงครามระหว่างสหพันธ์และจักรวรรดิคลิงออนก็ได้อุบัติขึ้น โดยมีเจ้าหน้าที่สตาร์ฟลีตผู้น่าอัปยศเป็นชนวนของความขัดแย้งครั้งนี้